Õiguskantsler Allar Jõks peab lubamatuks, et Eestis on kaitseväe korraldus seaduse tasandil reguleerimata. Ebapiisav õigusloome on tekitanud õiguslikku ja praktilist segadust kaitseväe missiooniüksuste juhtimisel, mis kulmineerusid 2006. aasta suvel Afganistani missioonil aset leidnud konfliktidega. Õiguskantsler on seisukohal, et kaitseväe juhataja ületas talle seadusega antud pädevust Afganistani missiooni juhtimisel, kehtestades kõrgemalseisva õigusega vastuolus olevad käsuõiguse liinid. Käsuõiguse liinide eristamisele pidanuks eelnema kaitseväe ülesehituse muutmine Vabariigi Valitsuse poolt. Vastavaid muudatusi aga Kaitseministeerium ette ei valmistanud, kuigi see oleks olnud kooskõlas sõjalise kaitse strateegilise kava, kaitseväe arengusuundade ja praktiliste vajadustega. Õiguskantsleri hinnangul on segadused kaitseväe käsuliinides põhjustatud ka sellest, et Kaitseministeerium ei ole suutnud teha kaitseväe üle tulemuslikku tsiviilkontrolli.
Allar Jõks saatis kaitseväe korralduse õigusliku regulatsiooni ja Afganistani missiooni juhtimisel ilmnenud õiguslike probleemide analüüsi ning sellest tulenevad järeldused Vabariigi Presidendile, Riigikogu riigikaitsekomisjonile, peaministrile, kaitseministrile ja kaitseväe juhatajale.
Õiguskantsler Allar Jõksi hinnangul on olukord, kus põhiseaduses nõutud seadus on 14 aasta jooksul vastu võtmata, häbiplekiks iga endast lugupidava riigi põhiseaduslikule korrale. Vaatamata õiguskantsleri korduvatele tähelepanujuhtimistele ei ole põhiseadusega nõutud kaitseväe korralduse seaduse eelnõu Vabariigi Valitsus seni Riigikogule esitanud ega Riigikogu vastu võtnud. Põhiseaduse kohaselt sätestab Eesti kaitseväe korralduse seadus ning selle seaduse vastuvõtmine on seadusandja kohustus.
"Kaitseväe korralduse seaduse ettevalmistamisel on oluline töö tegemata Kaitseministeeriumil, kelle prioriteetne ülesanne peab olema eelnõu valitsusele esitamine, ning vastutust seaduse puudumise eest kannavad ka Vabariigi Valitsus ja Riigikogu", ütles Allar Jõks
Kaitseväe korralduse seadusega tuleb reguleerida kõik kaitseväe korralduse olulised küsimused ning seejärel tuleb seadusega kooskõlla viia kogu ülejäänud riigikaitsealane normistik. "Kaitseministri ja kaitseväe juhataja vahel Afganistani missiooni juhtimise pinnalt lahvatanud teravad erimeelsused kaitseväe juhtimise ja käsuõiguse küsimustes on õigusselge ja põhiseaduspärase seadusandluse puudumise kujukas tagajärg", märkis õiguskantsler.
„Õiguslikku segadust ja praktilisi arusaamatusi missiooniüksuste juhtimisel põhjustab eeskätt korralagedus riigikaitse õigusloomes. On mõeldamatu, et NATO liikmesriigis sisustavad kaitseminister ja kaitseväe juhataja kaitseväe juhtimise põhimõtteid, käsuõiguse liikide ja liinide ning kaitseväe juhtimise pädevuse küsimusi diametraalselt erinevalt. Õiguskantsleri Kantseleis läbi viidud analüüs näitas, et ammendavaid ja üheseid vastuseid tõstatatud küsimustele ei pruugigi kehtivast õigusest leida, sest riigikaitse alased õiguslikud regulatsioonid on puudulikud ja lünklikud. Kaitsevägi on õiguslikult väga nõrgalt reguleeritud. Vabariigi Valitsuse määrusega ei ole eristatud administratiivjuhtimist ja operatiivjuhtimist ning käsuõiguse liike ja liine, operatiivülemale ei ole struktuuriüksusi allutatud, operatiivstruktuuri ning väljaõppe ja administratiivstruktuuri mõisted ei kattu praktikaga. Kaitseväe ülesehitus ei vasta sõjalise kaitse strateegilises kavas ja kaitsejõudude arenguplaanis seatud eesmärkidele ning kaitseväe praktilistele vajadustele. Missiooniüksuste paigutamine Rahuoperatsioonide Keskuse koosseisu eirab Vabariigi Valitsuse kehtestatud kaitseväe struktuuri. Kaitseminister ei ole kehtestanud võimu üleandmise korda rahvusvahelises sõjalises koostöös, mistõttu ei ole võimalik õiguslikult hinnata missiooniüksuste üle rahvusliku operatiivjuhtimise vajadust. NATO standardite kinnitamise ja rakendamise siseriiklik menetlus ei reguleeri juhtumeid, mil standardite rakendamine on kõrgemalseisva õigusega vastuolus,” tõi õiguskantsler välja mõned puudujäägid.
Kaitseväe juhataja on oma käskkirjadega allutanud missiooniüksused operatiivülema operatiivkäsuõigusele. Seeläbi on kaitseväe juhataja sisuliselt oma käskkirjadega asunud täitma kõrgemalseisvast õigusest tulenevat eesmärki viia missiooniüksused operatiivülema alluvusse. Õiguslikult oleks aga pidanud sellele eelnema kaitseväe ülesehitust sätestava valitsuse määruse muutmine. Millegipärast aktsepteeris Kaitseministeerium kuni 2006. aasta sügiseni taolisi Vabariigi Valitsuse määrusega vastuolus olevaid kaitseväe juhataja poolt loodud konstruktsioone. "Konflikt oleks võinud olla olemata, kui seaduse või selle puudumisel valitsuse määruse tasandil oleks selgelt määratletud käsuõiguse liigid ja eristatud administratiivjuhtimine ja operatiivjuhtimine. Kui aga kaitseväe juhataja asus NATO nõuetele toetudes "omaõiguse" korras seda lünka oma käskkirjadega täitma, läks ta vastuollu kõrgemalseisva õigusega", hindas õiguskantsler. "Kuigi kaitseväe juhataja tegutsemine oli Kaitseministeeriumi tegematajätmiste tulemus, ei õigusta see siiski ebaseaduslikku tegevust", rõhutas Allar Jõks. "Kaitseväe juhatajale seadusega antud täielik käsuõigus ei luba tal ometi eirata kehtivat õiguskorda"
Seetõttu peab õiguskantsler teenistusliku järelevalve algatamist Afganistani missioonil tekkinud konfliktide lahendamiseks kaitseministri ainuõigeks otsuseks. Kuid teenistuslik järelevalve seoses Afganistani missiooni juhtimisega on tänaseks sisuliselt lõpuni viimata, sest kaitseväe juhataja poolt kehtestatud kõrgemalseisva õigusega vastuolus olev käsuõiguse liigitus kehtib edasi ning õiguslik segadus missiooniüksuste juhtimises on jätkuv. Kaitseväe juhataja käskkirjade vastavad osad tuleb tunnistada kehtetuks või viia kõrgemalseisva õigusega kooskõlla. Vabariigi Valitsuse 22.05.2002 määrus nr 172 „Kaitseväe ülesehitus” peab olema vastavuses kaitseväe praktikaga ning tagama kaitseväele seatud eesmärkide saavutamise. "Kui õigusvastane olukord jätkub, jääb mulle arusaamatuks teenistusliku järelevalve tegelik eesmärk", ütles Allar Jõks.
Õiguskantsleri hinnangul peab demokraatlik tsiviilkontroll kaitseväe tegevuse üle olema senisest tulemuslikum. Kaitseministeeriumi käsutuses peavad olema tõhusad kaitseväe üle teostatava demokraatliku järelevalve mehhanismid, mis tagavad kaitseväele pandud ülesannete efektiivse täitmise.
„Pean äärmiselt taunitavaks, et korrektsete õiguslike lahenduste leidmine on sageli soikunud vastastikustesse süüdistustesse ja vastutuse hajutamisse. Tõhus riigikaitse korraldus ei saa toimida õigusloome probleeme konfliktide tagajärjel lahendades. Eesti kaitsevägi vajab süsteemset, praktikaga ühilduvat ning üheselt kohaldatavat õiguslikku regulatsiooni, kus ei ole mänguruumi seadusetusel, lünklikul ja vastuolulisel määrusandlusel, mitmetitõlgendatavatel normistikel ning kaitseväe juhataja poolt kehtestatud „iseõigusel”. Ilma põhiseaduspärase ja õigusselge seadusandliku baasita ei saa kaitsevägi areneda”, märkis Allar Jõks. „Õiguslik segadus ja vastutuse hajutamine on lubamatu igas riigikorralduse valdkonnas, eriti aga kaitseväes, kus seadusest tulenevate ja üheselt selgete käsuliinide puudumine või eiramine võib kaasa tuua kahjulikud tagajärjed riigi julgeolekule”, annab õiguskantsler hinnangu riigikaitse kõrgematele juhtidele adresseeritud seisukohavõtus.
Õiguskantsler kujundas oma seisukoha riigikaitsealase õigusloome ja praktika analüüsi tulemusel ning lähtuvalt vajadusest anda hinnang Kaitseministeeriumi ja Kaitsejõudude Peastaabi vahel tekkinud erimeelsustele kehtiva õiguse kohaldamisel seoses kaitseväe juhtimise põhimõtete ja pädevuste ning käsuõiguse rakendamisega. Õiguskantsleri menetluse algatas kaitseväe juhataja Tarmo Kõutsi pöördumine õiguskantsleri poole, milles paluti õiguskantsleri seisukohta, kuidas tagada käesoleval hetkel kaitseväe juhtimiseks vajalik õiguslik regulatsioon sellisel viisil, et see ei seaks ohtu Eesti koostööd NATOga.