Õiguskantsleri institutsioon loodi Eesti Vabariigis 1938. aastal jõustunud põhiseadusega. Selle loomine tulenes vajadusest tagada riigivõimu seaduslikkus ja anda õigusabi Vabariigi Presidendile.
Toonane õiguskantsler oli ministri õigustega kõrgem ametnik Vabariigi Presidendi juures. Õiguskantsleri ülesanne oli valvata „riigi- ja muude avalikõiguslikkude asutiste tegevuse seadusepärasuse järele“.
Eesti Vabariigi esimene õiguskantsler oli Anton Palvadre, kelle ametiaeg jäi paraku väga lühikeseks. Pärast seda, kui Nõukogude Liit 1940. aasta suvel Eesti okupeeris, likvideeriti õiguskantsleri ametkond ja Anton Palvadre mõisteti surma.
Õiguskantsleri kohustuste täitmine ei katkenud ei Saksa ega ka Nõukogude okupatsiooni ajal. Peaminister Jüri Uluots moodustas 18. septembril 1944. aastal Eesti Vabariigi valitsuse, mille koosseisu kuulus ka õiguskantsleriks nimetatud Richard Övel. Aastatel 1949–1981 hoidis institutsiooni järjepidevust õiguskantslerina Eesti pagulasvalitsuse juures Artur Mägi, kes oli ühtlasi Eesti Vabariigi 1938. aasta põhiseaduse üks koostaja.
Eesti õiguskantsleri institutsioon taastati järjepidevuse alusel 1992. aasta põhiseadusega. Õiguskantsleri institutsiooni taasloomine 1938. aasta põhiseaduse eeskujul näitas selle struktuuri tähtsust meie riigiehituses ja õiguskultuuris.
1992. aasta põhiseaduse kohaselt nimetab õiguskantsleri ametisse Riigikogu Vabariigi Presidendi ettepanekul seitsmeks aastaks. Õiguskantsler on oma tegevuses sõltumatu ametiisik, kes teostab järelevalvet seadusandliku ja täidesaatva riigivõimu ja kohalike omavalitsuste õigustloovate aktide põhiseadusele ja seadustele vastavuse üle.
Taasiseseisvunud Eesti esimeseks õiguskantsleriks nimetas Riigikogu 28. jaanuaril 1993. aastal juristi ja õigusteadlase Eerik-Juhan Truuväli. Talle järgnesid ringkonnakohtu kohtunik Allar Jõks (2001–2008), vandeadvokaat Indrek Teder (2008–2015) ja riigiõiguse professor Ülle Madise (alates 2015).
1. juunil 1999. aastal jõustunud õiguskantsleri seadusega anti õiguskantslerile ombudsmani ehk õigusvahemehe ülesanded, mille kaudu oleks tagatud isikute põhiseaduslike õiguste ja vabaduste kaitse.
18. veebruaril 2007. aastal jõustus õiguskantsleri seaduse muudatus, millega lisati õiguskantsleri ülesannete hulka väärkohtlemise ennetamine. Õiguskantsler määrati Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni (ÜRO) piinamise ning muude julmade, ebainimlike või inimväärikust alandavate kohtlemis- ja karistamisviiside vastase konventsiooni lisaprotokollis sätestatud riiklikuks ennetusasutuseks. Sellega sai õiguskantsler ülesande kontrollida kinnipidamisasutusi, milles viibivate inimeste vabadus on piiratud. Kontrollimise eesmärk on ennetada piinamist ja muud julma või inimväärikust alandavat kohtlemist kinnipidamisasutustes.
19. märtsil 2011. aastal jõustus õiguskantsleri seaduse muudatus, millega lisandusid õiguskantsleri ülesannete hulka lapse õiguste kaitse ja edendamise ehk lasteombudsmani ülesanded.
Alates 1. jaanuarist 2015 kontrollib õiguskantsler regulaarselt täidesaatva riigivõimu asutusi, kes korraldavad isikute varjatud jälgimist ning koguvad, töötlevad ja kasutavad isikuandmeid muul varjatud viisil. Õiguskantsler jälgib, et need asutused ei rikuks isikuandmeid kogudes inimeste õigusi.
Õiguskantsler täidab alates 1. jaanuarist 2019 Eesti riikliku inimõiguste kaitse ja edendamise asutuse (National Human Rights Institution – NHRI) ülesandeid, lähtudes ÜRO Peaassamblee 1993. aasta resolutsiooniga kindlaksmääratud põhimõtetest (nn Pariisi printsiibid). 2020. aasta detsembris andis ÜRO inimõiguste asutuste akrediteerimise alakomitee õiguskantslerile kõrgeima staatusega (A) akrediteeringu.
Alates 1. jaanuarist 2019 täidab õiguskantsler ka puuetega inimeste õiguste konventsiooni rakendamise edendamise, kaitse ja seire ülesandeid. Õiguskantsler seisab selle eest, et kõik puuetega inimesed saaksid põhiõigusi ja -vabadusi teostada teistega võrdsetel alustel.