Põhiõiguste kaitse ehk ombudsmani menetluse korral kontrollib õiguskantsler, et avalikke ülesandeid täitvad asutused ja ametnikud ei rikuks oma tegevuses ja inimesega suhtlemisel inimese põhiseadusest tulenevaid õigusi ja vabadusi, seadusi ja teisi õigustloovaid akte ning hea halduse tava. Õiguskantsler kaitseb inimest avaliku võimu ja ametnike omavoli eest.
Õiguskantsler kontrollib järgmisi asutusi:
- riigiasutused ja nende hallatavad asutused (ministeeriumid, ametid ja inspektsioonid);
- kohalikud omavalitsused ning nende hallatavad asutused (valla- ja linnavalitsused);
- avalik-õiguslikud juriidilised isikud (Eesti Pank, ülikoolid);
- avalikke ülesandeid täitvad füüsilised isikud (notarid, pankrotihaldurid, kohtutäiturid);
- avalikke ülesandeid täitvad eraõiguslikud juriidilised isikud (nt parkimis- või kiirabiteenust osutav aktsiaselts).
Kui õiguskantsler leiab, et avalikke ülesandeid täitva asutuse tegevus ei ole õiguspärane, esitab ta asutusele seisukoha, kuidas on asutus isiku õigusi rikkunud, ning teeb vajadusel asutusele soovituse õiguspärasuse ja hea halduse tava järgimiseks või ettepaneku rikkumise kõrvaldamiseks. Mõlemal juhul hindab ta enne seisukoha võtmist, kas asutus on järginud seadust ning kas isikuga suhtlemine on toimunud kooskõlas hea halduse tavaga. Oma seisukohas võib õiguskantsler kritiseerida, avaldada arvamust või anda konkreetseid soovitusi rikkumise kõrvaldamiseks.
Õiguskantsleril on õigus teha järelepärimisi järelevalvealustele asutustele, et saada teavet, kuidas on tema seisukohti arvestatud. Kui õiguskantsleri ettepanekut ei täideta või järelepärimisele ei vastata, võib õiguskantsler esitada ettekande järelevalvet teoks tegevale asutusele, Vabariigi Valitsusele ja Riigikogule. Õiguskantsler võib avaldada menetletava juhtumi kohta teavet avalikkusele. Õiguskantsleri seisukoht on lõplik ning seda ei ole võimalik kohtulikult vaidlustada.
Järelevalve julgeolekuasutuste tegevuse üle
Õiguskantsler teostab järelevalvet ka nende riigiasutuste üle, mis korraldavad telefonikõnede ja vestluste pealtkuulamist, kirjavahetuse jälgimist ning koguvad, töötlevad ja kasutavad isikuandmeid muul varjatud viisil. Õiguskantsler kontrollib, kas kõiki varjatud toiminguid viiakse läbi kooskõlas kehtivate normidega.
Jälitustegevuse abil menetletakse kuritegusid ja tagatakse avalikku korda, samuti koguvad julgeolekuasutused isikuandmeid varjatult töödeldes oma tööks vajalikku teavet. Seejuures tuleb pidada oluliseks, et põhiõiguste tagamisel ei keskenduks jälitusasutused üksnes potentsiaalsetele kurjategijatele, vaid ka nn kolmandatele isikutele, kelle põhiõigusi erinevate toimingutega riivatakse: pealtkuulatavate isikute vestluspartnerid, pereliikmed ja tuttavad, samuti kõik need, kes jälitustoimingute ajal juhuslikult „kõnesse ja pilti“ jäävad. Muuhulgas võib see puudutada olukordi, kus eelnimetatute huve kahjustatakse näiteks kriminaalmenetluse andmete avaldamisel pärast kohtulahendi tegemist või kriminaalasja lõpetamist.
Õiguskantsleril on pärast rikkumiste tuvastamist õigus teha ettepanek ebaseadusliku praktika lõpetamiseks. Kui põhiõiguse rikkumise põhjuseks on põhiseadusega vastuolus olev õigusnorm, algatab õiguskantsler menetluse selle normi põhiseadusega kooskõlla viimiseks.